Charge states of fragment ions in MS2 scan


MS2 scan에서 fragment ion들의 charge state는 얼마일까?

MS1 scan에서 precurson ion의 charge state는 decharging step을 통해서 결정된다.
그렇다면 MS2 scan에서 fragment ion들은 어떤 charge state을 갖게 될까?

Precursor ion이 +z라는 charge state을 가질 경우에 (positive mode라고 가정하자), fragment ion들은 +1에서 +(z-1) 사이의 charge state을 갖게 된다 (아래 그림 참조).
Image of fragmentation

이론적으로 +z charge와 0 charge (i.e. neutral)를 갖는 fragment ion도 생성될 수 있으나 neutral fragment는 ionization되지 않아서 검출되지 않으므로 고려 대상에서 제외된다.